肠衣的存放得保证在25℃以下干燥、通风、避光处贮存。通常保存时间只有三个月。盐渍肠衣应该放在零下10度的地方储存。盐渍肠衣不能冰箱低温冷冻。
另外干制肠衣和盐渍肠衣的保质方法也是有所不同的：
干制肠衣同样不能放冰箱，装在袋子里干燥保存即可。肠衣使用前在水里泡1分中就可以（凉水泡发）盐渍猪肠衣的清洗：把肠衣放在盆里冲洗3-4遍，洗掉盐，然后套在水管上灌水2-3次。
